Das BIGS wird von dem geschäftsführenden Direktor, Dr. Tim Stuchtey, geleitet.

Die finanziellen und gesellschaftsrechtlichen Angelegenheiten sowie die strategische Steuerung erfolgt durch den Verwaltungsrat, der hierfür von der Gesellschafterversammlung gebildet wird. Der Verwaltungsrat setzt sich aus folgenden Mitgliedern zusammen:

Das Brandenburgische Institut für Gesellschaft und Sicherheit ist unter der Beteiligung der Universität Potsdam und ihrer UP Transfer GmbH sowie der Unternehmen EADS, IABG und Rolls-Royce entstanden. Es wird vom Land Brandenburg gefördert.